מערת הסנהדרין הקטנה היא אתר קבורה שנמצא ליד קברו של שמעון הצדיק בשכונת שמעון הצדיק בירושלים. במערה זו יש 26 גומחות קבורה, ועל פי המסורת, גומחות אלה הן מקום מנוחתם האחרון של 26 חברי הסנהדרין. מענין לדעת שיש עוד מערות קבורה באותו מתחם שגם בהן ניתן לבקר. אליעזר גרייבסקי דן במערה בכתביו:" הקבלה בידיהם, כי הקברים האלה הם קברי הסנהדרין, יען ממספר הקוצ'ין הוא כמו מניין הסנהדרין. אבל לא ידעו איזו סנהדרין כיבדו אותם כאן, כי בכל דור ודור היו סנהדרין אחרת".
בשנת תרמ"ט (1889) תיעד יום טוב ליפא וייס את עבודתו באת: "ועתה הרמתי את ידי לתקן את מערות הסנהדרי הקטנות… והם מנו חדרים, חדר לפני חדר, וגם מסדרון א', ועד היום הזה היו המערות מקום מושבם של הישמעאלים, חמה וחמורים ובהמות שלהם, שהיו מלאים צואה ואשפה, ואני עשיתי קיר עם דלתות ברזל לסגירה, וגם עשיתי חלונות ופיניתי חמישה חדרים מהצואה והזבל והאבנים והעפר שהם נקיים, וגם חצבתי את דלת א' הרבה מהרצפה של אדם, ואז אור קטן של השמש יזרח שם ויבוא שם אוויר שיכול להאיר לפי אור הנר, וכך יבואו לשם לקיים תפילה ותחנה, שעד היום לא הרשו לאף אחד לבוא לשם להתפלל על הצואה והזבל. וההוצאה מן המערה סנהדרין עלתה בסך הכל חמישה ועשרים נפלים, וגם עשיתי במסדרון הסנהדרין הנ"ל מקווה מים לטבול ולבוא לשם להתפלל".
בעקבות מלחמת ששת הימים, שיפץ משרד הדתות את המקום יחד עם קבר שמעון הצדיק. במאי 1969 הכריז שר הדתות על המקום כעל מקום קדוש וצוין זה חזר גם בתקנות המתוקנות מכוח חוק הגנת המקומות הקדושים, תשל"א-1981.
איך מגיעים:
כיום המערה נעולה וניתן להיכנס אליה רק בתיאום עם הנהלת האתר. בנוסף, מתקיימות במקום תפילות קבליסטיות על בסיס שבועי. כדי לבקר באתר מערת הסנהדרין הקטנה, ניתן לנסוע למרכז ירושלים, בסמוך למלון אמריקן קולוני. משם, שביל מוביל לסמטה שבה נמצא המבנה מעל מתחם. כמו כן, ניתן להגיע למקום ברכב פרטי או בתחבורה ציבורית. קו 2 מגיע למקום וכך גם קו 42 ו25.